L’hypothèse la plus communément admise est que la maladie de Crohn est liée à une dérégulation de la réaction immunitaire muqueuse vis-à-vis d’un microbiote intestinal déséquilibré (dysbiose) sous l’influence de facteurs environnementaux et génétiques.
L’étude du microbiote intestinal comme cible antigénique et facteur d’inflammation chronique au cours des MICI suscite un intérêt grandissant. Plusieurs arguments génétiques, sérologiques, bactériologiques ainsi que les résultats obtenus dans certains modèles animaux, sont en faveur de cette hypothèse.
La mise en évidence qu’une dysbiose entre des bactéries « délétères » et « bénéfiques » (phyla bactériens pro et anti-inflammatoires) constitue un facteur prédictif de rechute après l’arrêt de certains traitements de la maladie de Crohn est un argument fort en faveur de cette hypothèse.
Objectif principal :
L’objectif principal de cette étude est la comparaison du microbiote intestinal des patients atteints de maladie de Crohn à celui de leurs apparentés sains au 1er degré ainsi qu’à celui de sujets témoins par une approche sans a priori de séquençage haut-débit.
Le critère principal de jugement sera le pourcentage de bactéries appartenant à la famille des Lachnospiraceae, qui constitue une part importante du phylum des Firmicutes.
Les objectifs secondaires sont :
- La recherche d’une association de la dysbiose avec un profil génétique et sérologique particulier chez les patients atteints de maladie de Crohn et leurs apparentés sains ;
- La quantification de bactéries à potentiel invasif (adherent-invasive E. coli, Shigella, Salmonella, Yersinia, Campylobacter, Candida albicans), et leur association avec un profil génétique et sérologique particulier chez les patients atteints de maladie de Crohn et leurs apparentés sains ;
- Une étude spécifique sur le microbiote associé à la muqueuse sera réalisée à partir de biopsies et/ou pièces opératoires dans le cas où le patient serait opéré dans l’année suivant l’inclusion ; dans le même contexte une étude spécifique sera réalisée à partir des biopsies chez les apparentés sains nécessitant, quel qu’en soit le motif, une coloscopie (voire une résection intestinale) ;
- Une étude des facteurs de risque environnementaux au moyen d’un questionnaire qui sera soumis aux patients atteints de maladie de Crohn, aux apparentés sains et aux témoins lors de l’inclusion.
Cette étude permettra une caractérisation fine, par séquençage haut-débit de l’ADN bactérien, de la dysbiose du microbiote intestinal et la mise en évidence d’une éventuelle association avec des profils génétiques et sérologiques particuliers chez les patients atteints de maladie de Crohn ainsi que chez leurs apparentés sains. Cette étude préalable est indispensable à la mise en place ultérieure d’un suivi prospectif d’une population à risque élevé de maladie de Crohn afin d’enregistrer les nouveaux cas de maladie de Crohn dont on aura pu ainsi suivre l’évolution du microbiote fécal dans la période précédant l’apparition de la maladie de Crohn. Ces résultats ouvriront des perspectives nouvelles concernant l’identification à un stade précoce et infra-clinique de sujets à risque élevé de maladie de Crohn et des approches interventionnelles visant à rééquilibrer le microbiote intestinal (probiotiques, prébiotiques…) afin de modifier l’évolution de la maladie, voire de prévenir son apparition.
L’exploitation des données et la valorisation de cette étude sont en cours.
Cette étude bénéficie d’un financement par le PHRC National.
