Recherche de nouvelles mutations génétiques à effet majeur dans la maladie de Crohn
Les travaux dans lesquels étaient fortement impliquées les équipes françaises et en particulier le registre Epimad, ont permis la caractérisation dans les années 2000 du gène NOD2 et du rôle majeur de ses mutations dans la survenue de la maladie de Crohn puisqu’elles sont associées à un sur-risque variant de 3.3 à 34.7. Depuis, les progrès des méthodes d’investigation du génome et en particulier les Genome Wide Association Studies (GWAS) ont mis en évidence plus de 170 loci génétiques qui joueraient un rôle dans la susceptibilité génétique à la maladie de Crohn mais à ce jour ces nouveaux facteurs génétiques ne montrent qu’une influence mineure et les sur-risques de maladie de Crohn qui leur sont associés ne sont que de l’ordre de 1.5.
Les approches GWAS s’essoufflent actuellement car par nature elles ne peuvent détecter que les variants génétiques fréquents associés à une pathologie multifactorielle, et font l’impasse totale sur les mutations « rares » qui jouent un rôle dans la susceptibilité à la maladie. Apparu récemment, le séquençage complet de l’ADN de l’ensemble des gènes (séquences codantes) d’un patient s’est avéré une méthode puissante capable de détecter des mutations « rares ». Cette méthode appelée Whole Exome Sequencing (WES) est prometteuse puisqu’on estime que les séquences codantes renfermeraient 85% des mutations en cause dans les maladies à composante génétique.
Objectif principal :
Mettre en évidence les mutations génétiques à fort impact sur la maladie de Crohn par séquençage complet des séquences codantes (Whole Exome Sequencing) dans ces 8 familles identifiées par le registre Epimad sans mutation NOD2.
Le registre Epimad a identifié 22 familles présentant plus de 3 patients atteints de maladie de Crohn. Pour 18 d’entre elles, nous avons pu imputer la forte agrégation familiale à la forte prévalence des trois mutations majeures du gène NOD2 : G908R, R702W et 1007fs. Dans 4 familles aucune des trois mutations NOD2 n’a été détectée et la forte agrégation familiale serait la signature d’un ou de plusieurs facteurs génétiques forts qui restent à mettre en évidence et qui sont vraisemblablement des mutations rares des séquences codantes. De même, parmi 35 familles présentant deux ou trois patients atteints de maladie de Crohn nous avons pu mettre en évidence l’une des mutations majeures du gène NOD2 chez 31 d’entre elles. Dans 4 de ces familles aucune des trois mutations NOD2 n’a été détectée et l’agrégation familiale, signature d’un ou de plusieurs facteurs génétiques forts reste à mettre en évidence.
Pour chaque famille les analyses par Whole Exome Sequencing sont effectuées chez au moins deux patients atteints de maladie de Crohn et deux sujets sains apparentés au premier degré lorsque les structures familiales le permettent. La logique étant de s’assurer qu’au sein de la famille, une mutation des séquences codantes, présente chez les deux sujets atteints, pourra être suspectée d’être en relation avec la maladie de Crohn, si elle s’avère absente chez les apparentés sains au premier degré.
Les mutations détectées et suspectes suite au Whole Exome Sequencing seront ensuite génotypées chez tous les membres de la famille afin de vérifier la coségrégation d’une mutation donnée avec la pathologie et permettre de suspecter fortement son implication dans la maladie de Crohn.
Enfin, les mutations ainsi repérées seront génotypées dans des cohortes de patients atteints de maladie de Crohn et des sujets indemnes afin de préciser leur implication dans les formes non familiales de maladie de Crohn et de quantifier le sur-risque de maladie de Crohn associé à chacune de ces mutations.
Cette étude est réalisée en collaboration avec le groupe du Pr Philippe Froguel (CNRS UMR8199).
Une première publication a été faite à partir de cette étude, d’autres exploitations sont en cours.
Cette étude bénéficie d’un financement par l’Association de l’Etude des Anomalies Congénitales (Nord de la France).
